湖南中医药大学审计处是学校内部审计工作的主管部门。1989年成立时为审计科，1995年升为审计处。下设财务审计科和工程审计科，编制为5人，处长杨生伟。
   在学校（院）党委、行政的领导及上级主管部门的指导下，审计处坚持“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的方针，坚持“审计立项、审计验收、决算审计”的工作程序和“客观、公正、合理”的工作原则，不断拓宽审计工作范围，提高审计工作质量，使审计工作由事后审计逐步向事前审计转移。2002年以来，以经济责任审计和工程审计为重点，完成了各项审计项目540项，其中财务审计58项，审计金额80131.2万元，查处违规金额上缴学校10.47万元。工程审计482项，审计金额35954.25万元，核减金额8478.17万元，为学校节约大量的资金，取得了良好的经济效益和社会效益。审计处曾被评为省教育系统审计先进集体，学校先进单位。